Η ανάγκη σχεδιασμού και ορθής υλοποίησης διαρθρωτικών αλλαγών στη λειτουργία των αγορών (παραγωγής προϊόντων, παροχής υπηρεσιών, εργασίας κ.α.) βρίσκεται τις τελευταίες δεκαετίες στο επίκεντρο της οικονομικής πολιτικής, με στόχο τη διατήρηση και την ενίσχυση των ρυθμών οικονομικής ανάπτυξης και της απασχόλησης. Στην ελληνική οικονομία υφίστανται στρεβλώσεις στην απρόσκοπτη λειτουργία των αγορών, που δημιουργούν σημαντικά προσκόμματα στις δυνατότητες ανάπτυξης και εξέλιξης των οικονομικών δραστηριοτήτων και επενεργούν αποτρεπτικά σε ξένες άμεσες επενδύσεις.
Το ΙΟΒΕ, με τις εξειδικευμένες μελέτες του στις διαρθρωτικές αλλαγές, αναδεικνύει τα εμπόδια στην ανταγωνιστική λειτουργία των αγορών και προτείνει τρόπους άρσης τους, αξιοποιώντας και τη διεθνή εμπειρία από αντίστοιχες παρεμβάσεις πολιτικής. Επιπλέον, προκειμένου να καταστεί σαφές το όφελος από την υλοποίηση των διαρθρωτικών αλλαγών, ποσοτικοποιούνται οι επιδράσεις τους σε όρους αύξησης του ΑΕΠ και των κατά κεφαλή εισοδημάτων, διεύρυνσης της απασχόλησης, ενίσχυσης των φορολογικών εσόδων κ.α. Οι μελέτες του ΙΟΒΕ για το περιεχόμενο και την επίδραση των διαρθρωτικών αλλαγών στην ελληνική οικονομία αποτελούν συχνά σημείο αναφοράς στο δημόσιο διάλογο, ενώ αναφέρονται συχνά στα αποτελέσματά τους εκθέσεις διεθνών οργανισμών, καθώς και επιστημονικές έρευνες για τα οφέλη από την πραγματοποίηση μεταρρυθμίσεων.